ความสะอาดของคอนแทคเลนส์เป็นสิ่งสำคัญมาก นึกดูว่าเพียงแค่มีเศษผงเล็กๆ เข้าตา ยังทำให้แสบตาจนน้ำตาไหล แต่คอนแทคเลนส์ต้องสัมผัสติดกับดวงตา โดยตรงเป็นเวลาหลายชั่วโมงต่อวัน หากสะอาดไม่เพียงพอ จะมีผลเสียต่อดวงตา มากมายเพียงใด

การทำความสะอาดคอนแทคเลนส์ มีคนจำนวนมากเข้าใจผิดว่าใช้วิธีแช่เพียง อย่างเดียวก็ได้ เพราะ ข้อความ No Rub ในคำแนะนำการใช้ข้างกล่องคอนแทคเลนส์ ไม่ได้แปลว่าห้ามถู ความจริงแล้วแปลว่า ไม่ต้องถูก็พออนุโลมได้

มีรายงานวิจัยบอกว่า การถูอย่างเดียวลดเชื้อโรคได้ 95% ส่วนเชื้อโรคที่เหลือ5% น้ำยาแช่สามารถกำจัดได้ นากจากนี้ การถูยังช่วยลดคราบจุลินทรีย์(Biofilm) ที่เกาะผิวเลนส์ได้ด้วย

ดังนั้น การทำความสะอาดคอนแทคเลนส์ที่ถูกต้อง คือ  ต้องถูด้วยน้ำยาทำความสะอาดคอนแทคเลนส์ แล้วจึงแช่เลนส์นั้นในน้ำยาแช่คอนแทคเลนส์

อีกเรื่องที่เข้าใจผิดกันมาก คือ การแช่เลนส์ไว้ในน้ำเกลือช่วยฆ่าเชื้อโรคได้  ความจริงแล้ว น้ำเกลือไม่มีฤทธิ์ฆ่าเชื้อ แต่น้ำเกลือจะทำให้เชื้อโรคโตเร็วขึ้น แทนที่จะฆ่าเชื้อ กลายเป็นเพาะเชื้อตลอด 8-10 ชั่วโมงที่เราไม่ได้ใส่เลนส์

การใช้น้ำเกลือที่ถูกต้อง คือ ใช้น้ำเกลือในการล้างน้ำยาที่ใช้ฟอกถูเลนส์ ในรายที่เซ้นสิทีฟกับน้ำยาฆ่าเชื้อโรค หรือใช้น้ำเหลือในการล้างทิ้ง

หากใช้และดูแลผิดวิธีคอนแทคเลนส์จะเป็นอันตรายต่อดวงตา ก่อนใช้ควรรับคำแนะนำจากจักษุแพทย์และศึกษาข้อมูลให้ถี่ถ้วน หากมีปัญหาควรหยุดใช้แล้วพบจักษุแพทย์ทันที