สาเหตุอาจเกิดจากคอหอย หลอดลม หรือต่อมทอนซิลซึ่งอยู่ใกล้หลอดอาหารอักเสบ ซึ่งกรณีดังกล่าวมักเกินจากภูมิแพ้อากาศ หรือเชื้อโรคเล่นงานระบบทางเดินหายใจ แต่ถ้าหากเป็นการอักเสบที่หลอดอาหารโดยตรง การอักเสบมักเกิดจากกระดูก เมล็ดผลไม้ หรือก้างปลาติดคอ แต่หากอาการเจ็บคอและกลืนลำบากเป็นหนักขึ้นเรื่อย ๆ จนทำให้เบื่ออาหาร และซูบผอม ควรรีบปรึกษาแพทย์ เพราะอาการอาจกิดจากเนื้องอกในหลอดอาหาร

หากเกิดหลังการรับประทานอาหาร แสดงว่าผู้ป่วยอาจมีแผลหรือการอักเสบของหลอดอาหารส่วนล่าง หรือส่วนที่เป็นรอยต่อระหว่างหลอดอาหารกับกระเพาะอาหารจึงรู้สึกปวดเสียดเมื่อรับประทานอาหารเพราะอาหารไปกระตุ้นให้กรดในกระเพาะหลั่งออกมา ซึ่งกรดในกระเพาะก็อาจจะหลั่งเลยมาถึงบริเวณที่เป็นแผลหรือมีการอักเสบพอดี แต่อาการก็จะค่อย ๆ ทุเลาหากรับประทานยาลดกรด โดยอาการเช่นนี้มักพบบ่อยในคนอ้วน และหญิงมีครรภ์

โดยระดับของความปวดนั้นมีความรุนแรงขึ้นภายใน 5-15 นาที แล้วจู่ ๆ ก็ทุเลาลง ผู้ป่วยมีเหงื่อออกมาก ทุรนทุราย ซีด และมักมีการอาเจียนร่วมด้วย อาการแบบนี้ควรรีบปรึกษาแพทย์โดยด่วนเพราะอาจเป็นอาการของนิ่วในถุงน้ำดี หรือถุงน้ำดีอักเสบ และหากอาการเป็นต่อเนื่องนานกว่า 15 นาที แสดงว่าอวัยวะส่วนที่มีปัญหาอาจเป็นที่ท่อใด หรือกรวยใด

หากเกิดในช่วงที่ไม่ได้มีประจำเดือน และอาการรุนแรงจนผู้ป่วยหมดสติเป็นไปได้ว่าเยื่อบุในช่องท้องอักเสบ ซึ่งควรรีบพาพบแพทย์โดยด่วน

อาการท้องร่วงท้องเสียเฉียบพลันอาจเกิดได้เป็นปกติ เนื่องจากแพ้อาหาร หรือรับประทานอาหารที่มีเชื้อโรคปนเปื้อนเข้าไป แต่เป็นไปได้ว่าอาจเกิดจากการของกระเพาะและลำไส้กะทันหัน หากรุนแรงจนหมดแรงก็ควรรีบนำส่งโรงพยาบาล

อาจเกิดได้จากหลายสาเหตุแม้แต่สาเหตุทางสมองและจิตใจ เช่น ความเครียด กดดัน ตื่นเต้น ดีใจ หรือเสียใจมากเกินไป ก็อาจทำให้เกิดอาการอาเจียนได้ ส่วนสาเหตุที่เกี่ยวข้องกับระบบทางเดินอาหาร ซึ่งทำให้เกิดอาการได้อาจเป็นผลจากการอุดตันในลำไส้เล็ก หรือพระเพาะอาหารอักเสบ ยิ่งมีการอาเจียนเป็นเลือดยิ่งอาจบ่งชี้ได้ว่าในกระเพาะอาหารต้องมีบาดแผลแน่ ๆ 

ส่วนใหญ่เกิดจากการที่ลำไส้มีปัญหา เช่น ลำไส้ดูดซึมไม่ดี ลำไส้ใหญ่อักแสบหรือมีแผล

อาจเกิดจากหลายสาเหตุ เช่น ดื่มน้ำน้อยเกินไป ลำไส้ใหญ่ไม่บีบตัว มีการอุดตันในลำไส้ใหญ่ หรือตอนปลายของลำไส้ใหญ่มีลักษณะหย่อนผิดปกติ ทำให้กากอาหารหมักอยู่ตรงบริเวณนี้ และก่อให้เกิดปัญหาท้องผูกเป็นประจำ ซึ่งอาการดังกล่าว ร้อยละ 10-15 มักจะนำไปสู่การป่วยเป็นโรคริดสีดวง

หากมีอาการโลหิตจางร่วมด้วย หากเป็นเรื่อย ๆ และเป็นเรื้อรัง ก็ควรจะไปตรงเช็คร่างกายให้ละเอียด เพราะมีผู้ป่วยมะเร็งที่กระเพาะอาหารหลายรายมักมีอาการเหล่านี้ในระยะแรก โดยเฉพาะเมื่อตรงน้ำย่อยในกระเพาะแล้วพบว่าน้ำย่อยไม่มีกรดเลย หรือบางครั้งมีกรกมากเกินไป จะยิ่งบอกว่ามีโอกาสเป็นโรคร้าย

มักเกิดจากการรับประทานอาหารเร็วเกินไป เคี้ยวไม่ละเอียด รับประทานอาหารที่มีไขมันมากหรือกินอาหารผิดเวลาก็จะทำให้อาการไม่ย่อยได้ ส่วนใหญ่อาการนี้จะเกิดกับโรคกระเพาะอาหารโดยตรง แต่ถ้านอกเหนือไปจากนี้ก็อาจเป็นโรคที่เกี่ยวกับอวัยวะอื่น เช่นโรคถุงน้ำดีอักเสบ ไส้ติ่งอักเสบ เบาหวาน ไปจนถึงโรคของระบบประสาทก็ทำให้เกิดอาการได้เช่นกัน

โดยปกติหากเป็นอาการไม่ย่อยแบธรรมดา รวมถึงกรณีที่อาการไม่ย่อยเนื่องจากโรคกระเพาะ ผู้ป่วยมักดีขึ้นหลังรับประทานอาหารอย่างถูกต้องตามหลักสุขลักษณะหรือได้อาหารพักผื้นสำหรับโรคกระเพาะช่วงหนึ่ง แต่หากอาหารไม่ย่อยเนื่องจากสาเหตุของโรคเบาหวาน หรือความผิดปกติของถุงน้ำดี หรือสาเหตุอื่น ๆ เช่นนี้ การเยียวยารักษษจะต้องรักษาให้ตรงกับสาเหตุของโรคนั้น ๆ